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首都兒科研究所是一所集兒科基礎醫學、臨床醫學、高等醫學教育、預防保健醫學為一體的全國知名的醫學研究機構。常年承擔著國家、衛計委、國際合作組織和北京市一系列重大項目和課題的研究，其中有國家973、863項目，國家科技支撐計劃，國家自然科學基金和北京市自然科學基金項目，北京市科委重大項目等。

研究所是國務院學位委員會批準的兒科碩士、兒科博士學位授權單位，現有碩、博士生導師40余名。目前，已培養博士、碩士300余人，有10名青年科技骨干入選北京市科技新星。科研、臨床人員每年在各種核心期刊、學術會議、專業刊物發表論文百余篇，其中SCI文章 40余篇。現有百余名留學歸國人員。

院內設有內科、外科、急診科、保健科、傳染科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、皮膚科、中醫科、麻醉科、檢驗科、放射科、藥劑科等20多個臨床醫技科室。

首都兒科研究所附屬兒童醫院是三級甲等醫院。2021年4月26日，首都兒科研究所附屬兒童醫院順利通過互聯網醫院資質準入現場評審，成為北京市較早通過該評審的兒童專科醫院。