1、等電聚焦法（IEF）
由于三種主要ApoE異構體E2、E3和E4的等電點（pⅠ）分別為5.89、6.02和6.68，E4比E3多一個正電荷，而E2比E3少一個正電荷。因此，可應用1EF檢測這些異構體間電荷差異而確定不同ApoE表型。傳統ApoE表型檢測方法多采用超速離心法或化學沉淀法分離VLDL，脫脂后進行IEF，然后進行染色分析。這種方法需要血清量較多，昂貴、費時，又需要大型設備，不適合大規模研究。ApoE異構體之間染色程度之間差異及電泳過程中泳動距離的變異性也造成結果的不穩定性。
2、雙相電泳法（two-dimensional electrophoresis）
第一相應用IEF電泳將等電點不同的蛋白質分離；第二相根據蛋白質分子量不同及濃度的差異，應用SDS-PAGE進行分離，由此確定ApoE表型。此技術能解決IEF遇到的一些轉錄后修飾的問題，臨床標本用量也很少，并且可以同時進行定性和定量分析，但由于成本昂貴而且費時，有時也難以清晰地分辨表型，故臨床上應用較少。
3、免疫印跡法（immunoblotting）
血清脫脂后，經IEF電泳將ApoE與其他蛋白質分離，然后將凝膠中蛋白質轉移到硝酸纖維素（NC）膜上，用抗ApoE抗體作為一抗進行免疫印跡反應或采用直接的免疫固定法，即可靈敏而特異地顯示出ApoE區帶的位置，從而確定ApoE表型。此方法利用抗原-抗體的特異反應，排除了血清其他蛋白質的干擾，不需超速離心分離VLDL，血清用量少，是國內外實驗室檢測ApoE表型常用的方法之一。但此類方法亦存在一些缺點，如對于存在與普遍異構體具有相同電荷的罕見異構體標本，或在糖尿病等病理狀態時，由于轉錄后修飾引起蛋白質變化的標本檢測時，就會給出錯誤的結果。
