所屬范疇不同

保健酒屬于“飲料酒”范疇，藥酒屬于“藥”的范疇。

功能作用不同

保健酒主要用于調節生理機能，以保健、養生、健體為目的，藥酒主要用于治病，有其特定的醫療作用。

生產管理部門不同

保健酒由食品生產企業生產，由食品部門主管，產品質量不合格可以調整或回收；藥酒由藥廠生產，由藥品管理部門主管，產品質量不合格只能報廢。

配方和質量依據不同

藥酒的配方要經過嚴格的審批，要求有內在的有效成份為指標的質量標準；保健酒配方一般不需要審批，很少規定檢測其內在功效成份，但第三代保健酒要求有明確的功能因子。

適用人群和對象不同

保健酒對年齡和性別沒有特別嚴格的限制，適用對象包括健康或亞健康人群；藥酒有針對性較強的適用人群，使用對象是患者，需要在醫生的處方或在專業人士的指導下服用。