墨運堂的歷史可追溯到1805年,當時墨屋九兵衛在奈良市的餅飯殿創立了這一品牌的前身,最初以 “御坊藤” 作為商號開展墨的制造業務。隨著時代變遷,進入明治時期后,商號經歷了兩次變更,先是改為 “松井墨云堂”,而后在明治三十三年確定為 “松井墨運堂”,并遷移至奈良市后藤町,開啟了后續不斷發展的歷程。
昭和二十五年,“株式會社墨運堂” 正式設立,此后持續拓展規模。例如,昭和三十六年將工廠搬遷至西之京并進行擴建,同時設立研究室,以此提升產品研發與生產能力;昭和四十六年設置東京營業所,逐步拓寬銷售渠道;昭和五十一年把總公司遷至奈良市杉町,進一步擴大業務范圍。后續更是積極向國內外拓展,在美國紐約設立了美國墨運堂,在日本國內也不斷對各營業所和店鋪進行優化布局,像昭和五十八年將東京店升級并遷至臺東區淺草橋,昭和六十年開設札幌營業所,平成元年開設福岡營業所等,通過這些舉措讓品牌影響力不斷擴大。