1955年,為改變人民群眾缺醫少藥現狀,東莞縣人民政府決定由縣財政撥款組建國營東莞縣藥品公司,并定址城區阮涌路47號。東莞人民群眾習慣稱為“國藥”。1984年改稱為東莞縣醫藥聯合公司,1987年改稱為東莞市醫藥總公司。至1987年,先后共成立31家國營醫藥公司和1家生產企業,率先將供藥網絡延伸至各鎮區。1990年增掛“東莞市醫藥管理局”牌子。2001年,組建東莞國藥藥業連鎖有限公司,注冊“東莞國藥”新商標,大力發展直營連鎖,實施品牌戰略。同年5月,成立東莞市國藥質量檢測中心,并于2006年獲發中國合格評定國家認可委員會頒發的“實驗室認可證書”。中心堅持對東莞國藥系統內首營品種進行檢測,有效將1326個假劣藥拒于“國藥”門外,保證人民用藥安全。2002年,組建大型藥品配送中心和中藥飲片配送中心,占地面積4.4萬平方米。實施電腦化管理,統一購進,集中配送。2004年,完成企業轉制工作,將廣東省東莞市醫藥總公司與東莞國藥藥業連鎖有限公司合并,更名為廣東省東莞國藥集團有限公司,并成立董事會與監事會,成為東莞市唯一一家國有控股醫藥企業,隸屬東莞市國有資產監督管理委員會。2018年,東莞國藥引入廣東益建集團(正道地)資本。
截至2020年,東莞國藥旗下有31家分公司,7個中心、2家中藥飲片廠和1500多間直營連鎖藥店,居于全國零售行業前列。
近年來,東莞國藥集團的中藥產品不斷研發創新,實現新發展。
中藥飲片生產逐步實現從有硫到無硫。2009年,東莞國藥公司與產地合作,運用現代科技,研發出新一代系列無硫中藥飲片。投放市場后,深受消費者歡迎,銷量從初期的每月5萬多元增加到現在的每月350多萬元。
研制出五花茶涼茶飲料。東莞地處嶺南地區,常年高溫高濕的氣候容易使人們產生濕熱癥狀。在實踐中,東莞國藥組制“五花茶”,提供給群眾到藥店購買回家煎服,深受歡迎。
改進傳統炮制工藝,提高生產效率。中藥的加工炮制,過去一直是手工操作,由于工藝復雜,每個環節都要精確把握,否則很容易產生不合格品。近年來,東莞國藥經過反復探索,實現用機器炮制,不但產品質量穩定,而且產量得到大幅提高。
鹿茸薄片的質量控制,實現從定性到定量。1991年東莞國藥通過反復試驗和大量數據,制定《鹿茸薄片內控質量標準》。
適應醫改變化,推行中藥“微包”配方,使醫院不再需要手抓中藥厘戥稱重調配處方,提高工作效率和準確性。同時創新“微粉”工藝,使之更容易吸收。