國家農業種質資源庫（圃）是我國種質資源安全保存與共享利用的重要設施，具有戰略性、基礎性和公益性特征，承擔著種質資源收集整理、安全保存、精準鑒定、共享交流等重要任務。
首批國家農作物、農業微生物種質資源庫，分布在全國29個?。ㄗ灾螀^、直轄市），體現了不同物種的地理分布及生境特征。第一批國家農業微生物種質資源保護庫包括長期庫1個、專業性種質資源庫18個，涉及食用菌、肥料微生物、植保微生物、飼料微生物等多個類別，初步建立了我國農業微生物種質資源保護體系。
| 序號 | 庫（圃）名稱 | 依托單位 | 所在地區 |
| 1 | 國家農作物種質資源庫 | 中國農業科學院作物科學研究所 | 北京市 |
| 2 | 國家糧食作物種質資源中期庫（北京） | 中國農業科學院作物科學研究所 | 北京市 |
| 3 | 國家蔬菜種質資源中期庫（北京） | 中國農業科學院蔬菜花卉研究所 | 北京市 |
| 4 | 國家多年生蔬菜種質資源圃（北京） | 中國農業科學院蔬菜花卉研究所 | 北京市 |
| 5 | 國家多年生草本花卉種質資源圃（北京） | 中國農業科學院蔬菜花卉研究所 | 北京市 |
| 6 | 國家桃草莓種質資源圃（北京） | 北京市農林科學院林業果樹研究所 | 北京市 |
| 7 | 國家小麥野生近緣植物種質資源圃（廊坊） | 中國農業科學院作物科學研究所 | 河北省 |
| 8 | 國家棗葡萄種質資源圃（太谷） | 山西農業大學果樹研究所 | 山西省 |
| 9 | 國家特色雜糧作物種質資源中期庫（太原） | 山西農業大學農業基因資源研究中心 | 山西省 |
| 10 | 國家北方飼草種質資源中期庫（呼和浩特） | 中國農業科學院草原研究所 | 內蒙古自治區 |
| 11 | 國家多年生飼草種質資源圃（呼和浩特） | 中國農業科學院草原研究所 | 內蒙古自治區 |
| 12 | 國家梨蘋果種質資源圃（興城） | 中國農業科學院果樹研究所 | 遼寧省 |
| 13 | 國家山楂種質資源圃（沈陽） | 沈陽農業大學 | 遼寧省 |
| 14 | 國家李杏種質資源圃（熊岳） | 遼寧省果樹科學研究所 | 遼寧省 |
| 15 | 國家山葡萄種質資源圃（左家） | 中國農業科學院特產研究所 | 吉林省 |
| 16 | 國家寒地果樹種質資源圃（公主嶺） | 吉林省農業科學院 | 吉林省 |
| 17 | 國家甜菜種質資源中期庫（哈爾濱） | 黑龍江大學 | 黑龍江省 |
| 18 | 國家馬鈴薯種質資源試管苗庫（克山） | 黑龍江省農業科學院克山分院 | 黑龍江省 |
| 19 | 國家寒帶作物及大豆種質資源中期庫（哈爾濱） | 黑龍江省農業科學院草業研究所 | 黑龍江省 |
| 20 | 國家都市特色作物種質資源中期庫（上海） | 上海市農業生物基因中心 | 上海市 |
| 21 | 國家甘薯種質資源試管苗庫（徐州） | 江蘇徐淮地區徐州農業科學研究所 | 江蘇省 |
| 22 | 國家桑樹種質資源圃（鎮江） | 中國農業科學院蠶業研究所 | 江蘇省 |
| 23 | 國家桃草莓種質資源圃（南京） | 江蘇省農業科學院 | 江蘇省 |
| 24 | 國家果梅楊梅種質資源圃（南京） | 南京農業大學 | 江蘇省 |
| 25 | 國家南方草本花卉種質資源圃（南京） | 南京農業大學 | 江蘇省 |
| 26 | 國家水稻種質資源中期庫（杭州） | 中國水稻研究所 | 浙江省 |
| 27 | 國家茶樹種質資源圃（杭州） | 中國農業科學院茶葉研究所 | 浙江省 |
| 28 | 國家中原山地特色園藝作物種質資源圃（合肥） | 安徽農業大學 | 安徽省 |
| 29 | 國家龍眼枇杷種質資源圃（福州） | 福建省農業科學院果樹研究所 | 福建省 |
| 30 | 國家紅萍種質資源圃（福州） | 福建省農業科學院農業生態研究所 | 福建省 |
| 31 | 國家閩臺特色作物種質資源圃（漳州） | 福建省農業科學院亞熱帶農業研究所 | 福建省 |
| 32 | 國家東南山地作物種質資源圃（宜春） | 江西省農業科學院園藝研究所 | 江西省 |
| 33 | 國家煙草種質資源中期庫（青島） | 中國農業科學院煙草研究所 | 山東省 |
| 34 | 國家核桃板栗種質資源圃（泰安） | 山東省農業科學院果樹研究所 | 山東省 |
| 35 | 國家耐鹽堿作物種質資源圃（東營） | 山東省農業科學院 | 山東省 |
| 36 | 國家棉花種質資源中期庫（安陽） | 中國農業科學院棉花研究所 | 河南省 |
| 37 | 國家西瓜甜瓜種質資源中期庫（鄭州） | 中國農業科學院鄭州果樹研究所 | 河南省 |
| 38 | 國家葡萄桃種質資源圃（鄭州） | 中國農業科學院鄭州果樹研究所 | 河南省 |
| 39 | 國家油料作物種質資源中期庫（武漢） | 中國農業科學院油料作物研究所 | 湖北省 |
| 40 | 國家野生花生種質資源圃（武漢） | 中國農業科學院油料作物研究所 | 湖北省 |
| 41 | 國家水生蔬菜種質資源圃（武漢） | 武漢市農業科學院 | 湖北省 |
| 42 | 國家獼猴桃種質資源圃（武漢） | 中國科學院武漢植物園 | 湖北省 |
| 43 | 國家砂梨種質資源圃（武昌） | 湖北省農業科學院果樹茶葉研究所 | 湖北省 |
| 44 | 國家麻類作物種質資源中期庫（長沙） | 中國農業科學院麻類研究所 | 湖南省 |
| 45 | 國家苧麻種質資源圃（沅江） | 中國農業科學院麻類研究所 | 湖南省 |
| 46 | 國家小葉茶樹種質資源圃（長沙） | 湖南省茶葉研究所 | 湖南省 |
| 47 | 國家野生稻種質資源圃（廣州） | 廣東省農業科學院水稻研究所 | 廣東省 |
| 48 | 國家荔枝香蕉種質資源圃（廣州） | 廣東省農業科學院果樹研究所 | 廣東省 |
| 49 | 國家甘薯種質資源圃（廣州） | 廣東省農業科學院作物研究所 | 廣東省 |
| 50 | 國家熱帶果樹種質資源圃（湛江） | 中國熱帶農業科學院南亞熱帶作物研究所 | 廣東省 |
| 51 | 國家野生稻種質資源圃（南寧） | 廣西壯族自治區農業科學院 | 廣西壯族自治區 |
| 52 | 國家芒果種質資源圃(田東) | 中國熱帶農業科學院熱帶作物品種資源研究所 | 廣西壯族自治區 |
| 53 | 國家野生棉種質資源圃（三亞） | 中國農業科學院棉花研究所 | 海南省 |
| 54 | 國家熱帶飼草種質資源圃（儋州） | 中國熱帶農業科學院熱帶作物品種資源研究所 | 海南省 |
| 55 | 國家橡膠樹種質資源圃（儋州） | 中國熱帶農業科學院橡膠研究所 | 海南省 |
| 56 | 國家木薯種質資源圃（儋州） | 中國熱帶農業科學院熱帶作物品種資源研究所 | 海南省 |
| 57 | 國家熱帶棕櫚種質資源圃（文昌） | 中國熱帶農業科學院椰子研究所 | 海南省 |
| 58 | 國家熱帶香料飲料種質資源圃（萬寧） | 中國熱帶農業科學院香料飲料研究所 | 海南省 |
| 59 | 國家柑橘種質資源圃（重慶） | 中國農業科學院柑橘研究所 | 重慶市 |
| 60 | 國家西南特色園藝作物種質資源圃（成都） | 四川省農業科學院園藝研究所 | 四川省 |
| 61 | 國家云貴高原特色作物種質資源圃（貴陽） | 貴州大學 | 貴州省 |
| 62 | 國家云南特有果樹種質資源圃（昆明） | 云南省農業科學院園藝作物研究所 | 云南省 |
| 63 | 國家甘蔗種質資源圃（開遠） | 云南省農業科學院甘蔗研究所 | 云南省 |
| 64 | 國家大葉茶樹種質資源圃（西雙版納） | 云南省農業科學院茶葉研究所 | 云南省 |
| 65 | 國家青藏高原作物種質資源圃（拉薩） | 西藏自治區農牧科學研究院 | 西藏自治區 |
| 66 | 國家青藏高原作物種質資源中期庫（拉薩） | 西藏自治區農牧科學研究院 | 西藏自治區 |
| 67 | 國家柿種質資源圃（楊凌） | 西北農林科技大學 | 陜西省 |
| 68 | 國家農作物種質資源復份庫（西寧） | 青海大學農林科學院（青海省農林科學院） | 青海省 |
| 69 | 國家枸杞葡萄種質資源圃(銀川) | 寧夏農林科學院枸杞科學研究所、寧夏農林科學院園藝研究所 | 寧夏回族自治區 |
| 70 | 國家新疆特有果樹種質資源圃（輪臺） | 新疆農業科學院輪臺果樹資源圃 | 新疆維吾爾自治區 |
| 71 | 國家野生蘋果種質資源圃（伊犁） | 伊犁哈薩克自治州農業科學研究所 | 新疆維吾爾自治區 |
| 72 | 國家中亞特色作物種質資源中期庫（烏魯木齊） | 新疆農業科學院農作物品種資源研究所 | 新疆維吾爾自治區 |
| 序號 | 庫名稱 | 依托單位 | 所在地區 |
| 1 | 國家農業微生物種質資源庫 | 中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所 | 北京市 |
| 2 | 國家食用菌種質資源庫（吉林） | 吉林農業大學 | 吉林省 |
| 3 | 國家食用菌種質資源庫（上海） | 上海市農業科學院 | 上海市 |
| 4 | 國家食用菌種質資源庫（貴州） | 貴州省農業科學院 | 貴州省 |
| 5 | 國家食用菌種質資源庫（云南） | 云南省農業科學院生物技術與種質資源研究所 | 云南省 |
| 6 | 國家肥料微生物種質資源庫（湖北） | 華中農業大學 | 湖北省 |
| 7 | 國家肥料微生物種質資源庫（海南） | 中國熱帶農業科學院環境與植物保護研究所 | 海南省 |
| 8 | 國家飼料微生物種質資源庫（北京） | 中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所 | 北京市 |
| 9 | 國家飼料微生物種質資源庫（內蒙古） | 內蒙古農業大學 | 內蒙古自治區 |
| 10 | 國家植保微生物種質資源庫（河北） | 河北省農林科學院植物保護研究所 | 河北省 |
| 11 | 國家植保微生物種質資源庫（湖北） | 湖北省農業科學院 | 湖北省 |
| 12 | 國家植保微生物種質資源庫（山東） | 山東農業大學 | 山東省 |
| 13 | 國家植保微生物種質資源庫（安徽） | 安徽農業大學 | 安徽省 |
| 14 | 國家農業環境微生物種質資源庫（廣東） | 廣東省農業科學院農業資源與環境研究所 | 廣東省 |
| 15 | 國家農業環境微生物種質資源庫（四川） | 農業農村部沼氣科學研究所 | 四川省 |
| 16 | 國家農業環境微生物種質資源庫（廣西） | 廣西壯族自治區農業科學院 | 廣西壯族自治區 |
| 17 | 國家農業環境微生物種質資源庫（山東） | 中國農業科學院煙草研究所 | 山東省 |
| 18 | 國家畜禽水產微生物種質資源庫（北京） | 中國農業科學院飼料研究所 | 北京市 |
| 19 | 國家農業專利與模式微生物種質資源庫（廣東） | 廣東省科學院微生物研究所 | 廣東省 |
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