北京同仁堂和南京同仁堂都是中國著名的中藥企業，起源于清朝同治年間的北京同仁堂。兩家企業的主要區別如下：

企業歷史：北京同仁堂創立于1669年，是中國古老的中藥企業之一，南京同仁堂則于1926年在江蘇南京創立。

企業規模：北京同仁堂是國有大型企業，擁有著龐大的銷售網絡和多家子公司，產品涵蓋中藥、西藥、保健品等多個領域。南京同仁堂則規模較小，主要集中于中藥領域。

產品特色：北京同仁堂以傳統中藥為主要產品線，主要以方劑制劑、中成藥、保健品等為主，涵蓋了中西醫結合的多個領域。南京同仁堂則以傳統中藥為主，主要涉及中藥材、中藥制劑等方面。

地域影響：北京同仁堂作為中國中醫藥的發源地和中藥產業的重要基地，在中國乃至國際中藥市場上具有廣泛的知名度和影響力。南京同仁堂則主要在江蘇和周邊地區擁有一定的知名度和市場份額。